Viện Đại học Đông Dương được nhiều trường đại học sau này nhận là tiền thân của mình.

• Trường Đại học Quốc gia Việt Nam (thành lập năm 1945 ở miền Bắc), Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (1956), Đại học Quốc gia Hà Nội (1993) là các trường phát triển dựa trên nền tảng Viện Đại học Đông Dương. Một số trường cũng nhận các trường thành viên của Đại học là tiền thân của mình như Trường Đại học Y Hà Nội, Trường Đại học Mỹ thuật Việt Nam.
• Viện Đại học Quốc gia Việt Nam (thành lập năm 1954 ở miền Nam), Viện Đại học Sài Gòn (1957), Trường Đại học Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh (1977), Trường Đại học Khoa học Tự nhiên thuộc Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh (1996) tiếp tục kế tục chi nhánh ở miền nam của Viện Đại học Đông Dương.